Основным видом деятельности АО «Порт Коломна» является  грузоперевозка внутренним водным транспортом. Предприятие входит в десятку крупнейших судоходных компаний, работающих в России с долей  рынка около 4%.

Основные направления деятельности:

- Перевозка, хранение и доставка навалочных грузов (песок, гравий, щебень, гипс, граншлак и т. д.);
- Транспортировка сверхгабаритных и тяжеловесных грузов;
- Добыча, переработка, сушка речного песка;
- Строительство и ремонт судов, проектно-конструкторское бюро;
- Проектные и общестроительные работы, строительство гидросооружений;
- Сеть гостинично-ресторанных комплексов (под брендом «40-й меридиан»);
- Пассажирские маршрутные и прогулочные перевозки;
- Учебный центр подготовки плавсостава.

Порт имеет развитую сеть грузовых причалов и складов хранения продукции на реках Ока и Москва, а так же отстойно-ремонтный пункт в г. Касимов. Перегрузочно-логистический комплекс рядом с МКАД на реке Москва в селе Беседы обрабатывает ежегодно более 2 млн. тонн грузов. С 2017 года функционирует перегрузочно-логистический комплекс Борки в г. Рязань с перспективой обработки более 1 млн. тонн грузов ежегодно.