Центр является подведомственным Федеральной службе по надзору в сфере образования и науки учреждением.

Центр был учрежден Министерством общего и профессионального образования Российской Федерации 20 марта 1997 г.

16 мая 2002 г. Центр был переименован в государственное научное учреждение «Главный государственный экспертный центр оценки образования Министерства образования Российской Федерации», в последующем передан из ведения Министерства в Федеральное агентство по образованию.

8 декабря 2004 г. Центр переименован в федеральное государственное научное учреждение «Главный государственный экспертный центр оценки образования», такое наименование используется и в настоящее время.

28 июня 2005 г. Распоряжением Правительства Российской Федерации № 892-р Центр был передан в ведение Федеральной службы по надзору в сфере образования и науки (Рособрнадзор).